Ena izmed najbolj privlačnih aktivnosti na Sejšelih je potapljanje. Sejšeli potapljačem nudijo enkratne potope na koralnih grebenih in stenah, potopljenih ladjah, podvodnih soteskah in jamah, potapljanje med velikim številom tropskih rib ter na željo tudi z morskimi psi. Na hitro opisano, občutek imaš kot da si v preveč polnem akvariju. Vse naokoli jate rib, mnogo želv, koral. Po pričanju domačinov, so bile pred dosegom pojava El Nino leta 1998 korale še mnogo lepše. Zaradi pojava je prišlo do globalnega segrevanja, kar je povzročilo znatne posledice na koralah. Korale so zaradi toplejše vode odvrgle svetle alge, ki so jih obdajale ter postale vse bolj blede. Ker je podlaga granitna, torej temna, se je to še toliko bolj videlo. Danes se stanje že izboljšuje in otočje še vedno ostaja raj za potapljače. Za ljubiteljem malce bolj ekstremnih potopov so na voljo tudi potopi z morskimi psi. Največja atrakcija je potop z morskim psom kitovcem, ki pa človeku ni nevaren.
Kdaj na potapljanje na Sejšele: potapljanje je možno čez celo leto, vendar so v mesecu marcu, aprilu, maju, septembru, oktobru in novembru mirnejše vode. V teh mesecih lahko vidljivost doseže tudi 30 metrov s temperaturo vode 29 stopinj. Mirnejše vode pa omogočajo tudi, da lahko potapljaški čolni odplujejo do bolj oddaljenih območij, kamor sicer ob razburkanem morju ne morejo. Na bolj odmaknjenih območjih gre predvsem za potope z morskimi psi. V mesecih juniju, juliju in avgustu monsun prinaša močne vetrove, ki otežujejo dostop do oddaljenih območij. Temperature vode pa se gibljejo okoli 25 stopinj. Hladnejše vode pripomorejo k nastanku planktona, bogatega s hranili, kar otežuje vidljivost. Ima pa plankton svojo prednost, saj privablja morske pse kitovce, ki dosežejo velikost tudi 10 metrov in so prava atrakcija za potapljače. Potapljaške agencije v teh mesecih nudijo potope s tem veličastnim morskim psom in cene takšnega potopa so lahko zelo visoke. Sicer pa je cena enega običajnega potopa okoli 50€ na osebo vključno z izposojo opreme. Nudijo pa tudi tečaje potapljanja. Vsi trije glavni otoki, Mahe, Praslin in La Digue imajo veliko ponudnikov potapljanja.
